Une seconde fois l'archange lui apparaît, et Aubert doute toujours. Mais à la troisième apparition de
l'archange plus aucun doute ne subsiste à l'esprit de l'évêque, car Saint-Michel, furieux de ne point avoir été écouté laisse à Aubert une preuve de son pouvoir: dans le crâne de l'évêque
apparaît un trou circulaire. Mais l'évêque ne doit pas trop en souffrir car il ne mourra que des années plus tard. Aujourd'hui le crâne d'Aubert est conservé dans la basilique
d'Avranches. Cette histoire est-elle vrai ou fausse? Personne ne peut apporter la preuve qui fera pencher la balance d'un côté ou de l'autre. Quoi qu'il en soit, l'évêque certain que
ces visions n'étaient point à mettre sur le compte de la folie, entreprend les travaux commandés par l'archange. Il fait construire un petit oratoire en forme de grotte pouvant contenir une
centaine de personnes. Il ne reste rien de cette construction sauf un mur visible dans l'une des salles de l'abbaye (Notre Dame sous terre). En 709, construction d'une petite église par Aubert.
Le roi de France Philippe-Auguste, pour
dédommager le monastère du préjudice causé par les Bretons alloue une forte somme d'argent à l'abbaye. Cet argent est immédiatement investi dans la construction de la Merveille. La construction
de ce bâtiment sur un terrain aussi peu propice (le terrain est en pente) est un véritable tour de force. En 1228 le cloître, sommet de l'édifice, est achevé. Très peu d'évènements
viendront marquer le reste du XIIIème siècle, les abbés se succèdent, tous apportent leur marque dans la construction du Mont: pour remplacer l'ancienne palissade en bois, des tours et des
remparts sont construits, les logis abbatiaux sont également bâtis durant cette période. Au début du XIVème siècle commence la guerre dite de Cent Ans. L'abbaye perd la totalité de ses revenus
provenant de ses prieurés Anglais. En 1356, les Anglais s'emparent de Tombelaine et prennent pour cible le Mont Saint-Michel. Le chevalier Du Guesclin est nommé chef de la garnison du
Mont. A la tête de ses troupes il remporte victoire sur victoire et éloigne pour plusieurs années la menace Anglaise. Pierre le Roy est élu abbé en 1386, conscient du danger que représentent les
Anglais, il décide de construire de nouvelles défenses pour l'entrée de l'abbaye. La tour
Perrine, la tour des Corbins et plus particulièrement
le Châtelet donne à l'entrée du monastère une défense infranchissable. Les Anglais après une période de répit reprennent l'offensive et, après la
défaite du roi de France à Azincourt, plus rien ne semble pouvoir les arrêter. Robert
Jolivet le nouvel abbé, organise, grâce à de nombreux impôts, la construction des remparts
afin de protéger la ville qui devient elle-même une protection pour l'abbaye.
Les Montois (nom donné aux habitants du Mont) parviennent même par quelques attaques éclairs à décourager les Anglais. En 1425, après avoir subi une défaite plus cuisante que les autres, les Anglais se replient.
Après cette victoire, malgré les menaces qui pèsent toujours sur la région, les pèlerins affluent au Mont pour rendre hommage a l'ultime défenseur du royaume: l'archange Saint-Michel. En 1433, un incendie ravage une partie de la ville, les Anglais voulant profiter de cette occasion regroupent leur armée et préparent l'attaque. En 1434, les Anglais se ruent sur le Mont Saint-Michel, une bataille sanglante s'en suit. Les Anglais parviennent à faire une brèche dans le rempart et pénètrent dans la ville en criant déjà victoire. Heureusement, le capitaine du Mont réorganise ses troupes et contre-attaque si puissamment que les Anglais prennent la fuite en abandonnant deux bombardes. La victoire des troupes Montoises redonne confiance aux armées Françaises et, sur tout le territoire, les Anglais reculent. La bataille de Formigny, en 1450 apportera finalement la paix à la Normandie